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如果苹果手机的短信应用被删除了，可以尝试以下几种方法来恢复。
1、使用App Store重新下载：打开App Store，在搜索栏中输入“短信”或“Messages”，然后在结果中找到应用并点击“下载”按钮，即可重新安装短信应用。
2、从备份中恢复：如果之前有使用iTunes或iCloud备份手机数据，可以使用这些备份文件来恢复短信应用，连接iPhone到电脑，并打开iTunes或iCloud，选择相应的备份文件来恢复。
3、使用第三方工具恢复：有一些第三方应用可以帮助恢复被删除的应用，例如PP助手等，连接iPhone到电脑，然后在这些工具中找到恢复删除应用的功能，按照提示操作即可，但请注意，使用第三方工具可能存在风险，需要谨慎操作。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系苹果官方客服寻求帮助，无论使用哪种方法，建议在操作前备份手机数据，以避免数据丢失或损坏的风险。